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세금제도 싹 바뀐다…R&D·청년고용·배당·집 한꺼번에 손질 - 국가전략기술·AI 데이터까지 R&D 세액공제 확대 - 고배당기업 분리과세·청년고용 우대…기업·민생 동시 겨냥 - 인구감소지역 주택·미분양 특례로 지역경제 활성화
  • 기사등록 2026-01-15 16:25:04
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[대전인터넷신문=세종/최대열기자] 기획재정부는 2025년 세제개편 후속조치로 R&D와 고용, 배당, 주거 분야 전반을 손질하는 시행령 개정안을 마련해 입법예고에 착수했으며, 오는 2월 말 공포를 목표로 제도 정비에 나선다.


2025년 세제개편 후속 시행렬 개정안이 2월 말 공표를 목표로 추진된다.

정부는 이번 시행령 개정으로 미래첨단산업 육성과 민생 부담 완화를 동시에 추진한다. 국가전략기술과 신성장·원천기술 범위를 확대해 반도체 초혁신 프로젝트와 연계한 MCM 차세대 반도체, LNG 화물창, 미래형 선박 운송·추진, 선박 디지털 설계·운영 기술을 신설했다. 청정수소에는 청록수소 기술을 포함해 범위를 넓혔고, 신성장·원천기술은 273개에서 284개로 늘려 특수탄소강과 그래핀 등 주력·신산업 핵심 기술을 추가했다.


연구개발 분야 세제지원도 강화된다. R&D 비용 세액공제 대상에 인공지능 학습용 데이터 구매비가 포함돼 기업의 데이터 기반 연구 투자가 촉진될 전망이다. 고용 분야에서는 통합고용세액공제 적용 기준을 조정해 중견기업은 5명, 대기업은 10명을 초과하는 고용 증가분에 대해서만 공제를 적용한다. 청년 우대공제는 근로계약 체결 당시 34세 이하이면 이후 연령이 올라가도 혜택을 유지하도록 명확히 했다. 국가자원안보특별법상 핵심자원과 관련해 해외 현지법인에 채무보증한 경우에는 구상채권 대손금 손금 인정 범위도 확대된다.


배당 활성화를 위한 제도 개편도 눈에 띈다. 고배당기업 배당소득 분리과세는 현금배당 전반에 적용하되 펀드·리츠 등 유동화전문회사는 제외한다. 당기순이익이 ‘0’ 이하인 적자배당 기업은 전년 대비 배당 10% 이상 증가, 부채비율 200% 이하 등 요건을 충족할 경우에만 제한적으로 허용한다. 기업소득 환류제도에는 배당이 포함되며, 환류비율은 투자포함형 80%, 투자제외형 30%로 상향된다. 대학 수익용 기본재산의 대체취득 범위에는 국·공채와 국내 상장주식, 국내투자형 펀드가 추가돼 과세이연 활용 폭이 넓어진다.


지역경제와 주거 안정을 겨냥한 세제 인센티브도 확대된다. 위기지역 창업 감면은 투자 5억 원 이상, 상시근로자 10명 이상 고용 요건을 충족해야 적용된다. 연구개발특구 입주기업 감면은 자연·이공·의학계 박사 인력을 ‘우수 인력’으로 규정해 한도를 1인당 2,000만 원 늘린다. 


본사 지방 이전 기업의 수도권 근무 비율 기준은 50%에서 40%로 강화돼 지방 이전의 실효성을 높인다. 비수도권 인구감소지역 주택 취득 시 양도세·종부세 특례를 확대하고, 세컨드홈 특례 기준시가는 4억 원으로 정했다. 비수도권 준공 후 미분양 주택의 특례 가액 기준은 시가 7억 원으로 상향된다.


금융·민생 분야에서는 청년미래적금 이자소득 비과세 연령을 19~34세로 정하되, 출시 시점에 34세를 초과하더라도 전년 말 기준 34세 이하면 적용한다. 야간근로수당 비과세 대상인 생산직근로자 소득기준은 최저임금 인상을 반영해 완화된다. 사립학교 사무직원의 육아휴직수당 비과세 한도는 일반 근로자 수준으로 인상되고, 월세 세액공제는 주말부부의 배우자까지 확대된다. 농·어민을 위한 부가가치세 사후환급 대상 농업기자재도 늘어난다.


체납·재기 지원과 소비 분야 제도도 손질된다. 특수형태근로자가 고용보험에 3개월 이상 가입하면 체납액 징수특례를 적용받는다. 생계형 체납자 소멸 특례는 최근 3년 평균 수입금액 15억 원 미만 사업자까지 확대된다. 개식용종식법에 따른 폐업 사육농가 보상소득은 2027년까지 400마리 사육분에 대해 비과세한다. 노란우산공제는 경영악화 요건을 매출 20% 감소로 완화하고, 납입한도는 분기 300만 원에서 연 1,800만 원으로 늘린다. 하이볼 등 저도수 혼성주류는 알코올 8.5도 이하, 불휘발분 2도 이상 요건을 충족하면 주세 30% 감면을 적용하되, 반출량은 400킬로리터까지로 제한한다.


과세 공정성과 행정 합리화도 강화된다. 부부 공동명의 주택은 지분율과 무관하게 종부세 납세의무자를 선택할 수 있도록 해 상속·대체주택 취득 시 1세대 1주택 특례 적용을 유연화한다. 납세자보호담당관의 세무조사 참관 대상은 전 사업자로 확대된다. 천재지변 등으로 출국이 취소될 경우 면세품 회수 의무를 면제하는 규정도 신설된다. 전자신고세액공제는 신고 안착에 따라 종합소득세·법인세·부가가치세는 50%로 조정하고, 양도소득세는 전액 유지한다.


금융·국제조세 분야에서는 종합투자계좌 IMA 수익을 배당소득으로 분류하고, 외국은행 국내 지점에는 과소자본 지급이자가 없는 경우 간주자본세제 적용을 배제해 이중 규제를 해소한다. 국외전출세는 외국근로자와 그 배우자·미성년 자녀를 과세 대상에서 제외하고, 국외주식 보유액 5억 원 초과 전출자에 한해 과세한다. 가상자산은 개인과 동일하게 법인도 총평균법으로 평가하도록 정비한다. 관세·마약 단속과 현금영수증 의무발급 업종 확대 등 집행 규정도 함께 개정된다.


이번 시행령 개정안은 R&D 투자와 청년고용, 배당 활성화, 주거 안정까지 폭넓게 겨냥한 전방위 세제 손질이다. 정부는 총 21개 시행령을 정비해 2월 말 공포를 목표로 하고 있으며, 제도 변화가 기업 투자 확대와 지역경제 회복, 가계 부담 완화로 이어질지 주목된다.


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